Na vodnej fajke sa za stovky rokov jej používania zmenil dizajn alebo šírka príslušenstva, nie však princíp jej fungovania, ktorý je veľmi jednoduchý. Potiahnutím z hadice vzniká podtlak, ktorý ženie uhlíkmi rozžeravený vzduch korunkou s tabakom ďalej do tela fajky, srdca a vázy. Tam sa dym vo vode ochladzuje, zbavuje sa ťažkých častíc a kumuluje. Odtiaľ dym pokračuje späť do srdca a hadice.
Vodné fajky sú zdraviu škodlivé. Filtrácia dymu vodou ho nezbavuje zdraviu škodlivých látok.